Не кинокритик. Не палеонтолог. (plakhov) wrote,
Не кинокритик. Не палеонтолог.
plakhov

Categories:

Лекция Гельфанда

Сходил сегодня на доклад М. Гельфанда - благо, далеко идти не пришлось, три этажа по лестнице.

Михаил Сергеевич Гэндальф Гельфанд показывал разные интересные картинки о том, как выглядят и какими свойствами обладают различные графы (в математическом смысле этого слова), которые можно сопоставить процессам, происходящим в живых клетках, или взаимосвязям между её компонентами. Он отличный рассказчик - судя по всему, почти все почти всё поняли, хотя почти никто из собравшихся (кроме него самого и, возможно, его ученицы? какой-то девушки, которую я раньше не видел) биологом не был и близко. Вообще, было очень интересно, и я узнал для себя много нового; это, впрочем, не странно, я-то в основном по учебникам пытался что-то изучать, а значительная часть работ, о которых он рассказывал, была выполнена уже в XXI веке.

Примерно половина материала была про биологию, а половина - про то, как узнать, является ли некоторое наблюдаемое свойство графа (например, распределение в нём числа вершин разной степени или длина среднего пути в нём) "случайным" или существенным. Для этого нужно уметь изготавливать "случайные" графы (в кавычках, потому что корректно определить это слово для графов сложно), который в остальном имеет те же характеристики, что и настоящий, биологический, и посмотреть, будет ли и интересующая нас характеристика вести себя так же, как и в жизни. Если не будет, то хорошо, мы нашли что-то "настоящее", нетривиальное. Похоже чем-то на квант.трейдинг, если я его правильно себе представляю (только там не про графы, а про ряды). Всё это тесно переплеталось, при этом всякие теорграфовые вещи, хотя были просты математически, зато имели вполне содержательные биологические проекции. Готовят случайные графы довольно наивными методами, пока еще явно есть, где развернуться, при желании.

Что мне показалось самым интересным:
  • приятно удивило, что в качестве примеров приводилось очень много организмов, как одноклеточных, так и многоклеточных, а не как всегда одна только e.coli
  • если рисовать ориентированный граф влияния белков друг на друга (репрессор-активатор), то с очень хорошим приближением это именно граф, а не мультиграф; то есть вещами вроде "А и Б по отдельности не влияют на В, но вместе влияют так-то и так-то" можно пренебречь. Что удивительнее, то же самое верно и для всех химических реакций, происходящих в клетке вообще (получится, насколько я понял, тоже граф, состоящий как из "кто кому катализатор-ингибитор", так и из "кто в кого превращается" - в зависимости от конкретного ребра). В каждой конкретной реакции, естественно, принимает участие несколько веществ, но можно "вынести за скобки" несколько "основных", присутствующих в клетке "всегда" - воду, CO2, АТФ и т.п., и считать их "расходными материалами"
  • предположительно, существует "проблема бюрократии" - доля регуляторных белков (то есть, грубо говоря, управляющих экспрессией других генов, а не участвующих в "содержательных" химических реакциях) растёт примерно пропорционально длине генома, из-за чего геном просто "не может быть" длиннее какого-то размера; я не понял, относится ли это только к бактериям, или ко всем живым существам вообще (ну и известно ли это в принципе); вообще, не до конца ясно, фундаментальна ли эта зависимость, или она обусловлена третьим фактором, как-то сложностью "образа жизни" данной клетки
  • и геном, и те процессы, которые он кодирует, устроены по вполне понятным "модульным" принципам, это вовсе не хаос; чем сложнее существо и чем разнообразнее условия, в которых оно вынуждено жить, тем четче видны эти модули; причем дело не в том, что это мы можем так представить данные, чтобы в них стали видны функциональные составляющие - это именно свойство самого генома (доказывается путём сравнения с теми самыми "случайными графами")
  • получить, например, конфету дочитавший может на моем рабочем месте завтра с 11 до 21, поскольку традиционного для данного пункта коньяка у меня нет, а сердечник следует изготовить из дерева
  • мало того, граф влияния белков на экспрессию друг друга для генома даже не только бактерий, но и человека, очень хорошо бьется не только на "модули", но на слои-страты, по которым информация проходит "сверху вниз", с очень небольшим числом backlink'ов
  • ещё много чего интересного было - про искусственное превращение обычной мыши в летучую, про полностью искусственные, предрасчитанные, add-on'ы к естественным организмам (не банальная генная инженерия, которой сто лет в обед, а именно полностью, от начала и до конца, сконструированные исправно функционирующие модули), но всего не упомнишь
Не знаю вот только, в чём был смысл этого семинара, кроме наслаждения "особым взлётом свободной мысли, которая возвышает над всеми остальными мирянами". Грубо говоря, кто кому после этого поможет, и в чём? Ну то есть я в своей гордыне надеюсь, что могу теперь одну вещь сделать лучше, еще немножко поняв, что и где подсмотреть в природе - но, во-первых, это так совпало невероятно, что меня давно интересовало кое-что из рассказанного, а во-вторых, несмотря на это невероятное совпадение, даже для меня это не особенно коррелирует с прямой моей работой, а для других, насколько понимаю, и того меньше. Ну ладно, я верю, что коллективный интеллектуальный оргазм - вещь положительная, и никто никогда заранее не скажет, что хорошего вдруг может родиться через неделю или через двадцать лет.

Когда-то я с удивлением узнал, что Катя Панина (они с женой были хорошими подружками) сразу после мехмата стала его ученицей, удивительно быстро что-то сделала для науки, окончательно перевербовалась в биологию, уехала в Штаты, а он её даже с уважением упоминал в политрушной лекции. Я что хочу сказать всем этим - нет, не обманете, в Матрице до сих пор триста человек, вот сегодня ещё одного узнал. Кстати (или некстати), в жизни он выглядит гораздо лучше, чем на официальной фотографии; обычно бывает наоборот.
Tags: bio, lytdybr
Subscribe

  • Спрошу у ЖЖ

    А что из того, что вы недавно прочитали, вам действительно пригодилось или явно ещё пригодится? В профессиональной сфере, личной, или бытовой,…

  • Secondary protein structure dataset(s)?

    <== Картинка с α-helix для привлечения внимания Боюсь, что сам буду долго искать, так что, люди добрые, подскажите, а какие бывают хорошие…

  • (no subject)

    Сегодня у меня день рождения. На свой день рождения я хочу следующий подарок: расскажите, пожалуйста, в комментариях что-нибудь интересное из вашей…

  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 24 comments
Previous
← Ctrl ← Alt
Next
Ctrl → Alt →
Previous
← Ctrl ← Alt
Next
Ctrl → Alt →

  • Спрошу у ЖЖ

    А что из того, что вы недавно прочитали, вам действительно пригодилось или явно ещё пригодится? В профессиональной сфере, личной, или бытовой,…

  • Secondary protein structure dataset(s)?

    <== Картинка с α-helix для привлечения внимания Боюсь, что сам буду долго искать, так что, люди добрые, подскажите, а какие бывают хорошие…

  • (no subject)

    Сегодня у меня день рождения. На свой день рождения я хочу следующий подарок: расскажите, пожалуйста, в комментариях что-нибудь интересное из вашей…